Il togliere programmi dall'avvio non porta a queste conseguenze. La deframmentazione è comunque un'operazioni critica, che va fatta solo se necessaria, nulla toglie che si sia verificato un errore, poi magari corretto al riavvio. Comunque ti consiglio l'avvio di un check disk, almeno solo in lettura, per verificare la coerenza del file system. Questa è la procedura per XP:
http://support.microsoft.com/kb/315265/itFacci sapere come è andato il controllo.
Ciao